Đến đầu thế kỷ XX, đã có hơn một trăm ngôi chùa và động ở khu vực này. Chùa Thiên Trù hay chùa Ngoài nằm gần bến Trò trên dòng suối Yến, được ngài Trần Đạo Viên Quang chân nhân dựng vào năm 1686 và được trùng tu, phát triển thành ngôi đại già lam ở các thế kỷ kế tiếp. Bom đạn chiến tranh đã phá hỏng ngôi chùa vào các năm 1947, 1948 và 1950. Di tích xưa nay chỉ còn lại tháp Thiên Thủy, tháp Viên Công - một công trình nghệ thuật đất nung thế kỷ XVII và bia đá. Năm 1985, chùa đã xây gác chuông 8 mái ở sân Thiên Trù. Từ năm 1989, Thượng tọa Thích Viên Thành cùng Ban xây dựng chùa Hương đã thực hiện công việc quy hoạch và tôn tạo toàn vùng, xây dựng chùa Thiên Trù ngày nay trên nền móng chùa cũ.

Hàng năm, hội chùa Hương kéo dài từ đầu tháng giêng đến giữa tháng ba (âm lịch), là một trong những lễ hội lớn ở nước ta, thu hút hàng vạn Phật tử, du khách trong nước, nước ngoài đến tham quan, chiêm bái. Thắng cảnh chùa Hương đã được Bộ Văn hóa công nhận là Di tích lịch sử - văn hóa quốc gia và đã đệ trình Hội đồng Di sản, Văn hóa và Thiên nhiên thế giới xét công nhận Di sản văn hóa thế giới.